神探玺洛克的厨房

如果有天堂，一定是一半厨房，一半书房，然后在书房里还有一张床。

Nice cook, nice book, nice food, nice mood. One bed, no bad

------XiLock

2022-每周补脑2nd

科研言论如果一样东西，你能感到它想做成什么，并且也知道它可能很重要，但是它的制造商没有做对。技术人员就会产生一种强烈的愿望来修复它，把它做对，并向人们展示它应该是什么样。–John Carmack The reasonable man adapts himself to the world; the unreasonable one persists in trying to...

Posted by XiLock on February 6, 2022

Lasp 介绍·教程

参考资料： LASP Software Platform 神经网络全局势函数在多相催化中的应用

Posted by XiLock on January 28, 2022

Plumed multiple replicas

Elucidating Molecular Design Principles for Charge-Alternating Peptides PLUMED Masterclass 21.5: Simulations with multiple replicas Gromacs与cp2k联动使用plumed做QM/MM增强采样

Posted by XiLock on January 24, 2022

Plumed 安装及手册

Please ensure that you have setup PLUMED and GROMACS on your machine before starting the exercises. Also notice that in order to obtain good performances it is better to compile GROMACS from sourc...

Posted by XiLock on January 23, 2022

ML 分子模拟

描述符 CODESSA (E-)Dragon:在线

Posted by XiLock on January 20, 2022

2022-每周补脑1st

科研 PDMS: a review (ELVE FLOW) Introduction to lab-on-a-chip 2020: review, history and future 言论觉人之诈，不形于言；受人之侮，不动于色。此中有无穷意味，亦有无穷受用。–洪应明《菜根谭》 You never change things by fighting the exis...

Posted by XiLock on January 14, 2022

科学研究的策略及基础

科研看文献时不带目的，80%以上时间看文献做实验；查，找能做的，上手容易的；做特例。进入黑暗反馈–>猪撞南墙要拐弯孤立与比较 “永远有路”（科学研究上永远有第二条路。–桑格）巩固基础与基本原则相结合人脑的潜力科创的四项基本原则结合基础研究与应用研究（a mix of pure and applie...

Posted by XiLock on January 13, 2022

CP2K 大体系

800个原子如果是指晶胞的化(包含显式水，真空层等)的化，无论VASP，Dmol3或是扣出团簇用orca(团簇也至少是500个原子以上吧)，都应该是没机会的。估计用cp2k里的一些黑科技才有点机会。量化范畴里，800原子优化问题，几乎只能半经验或者GFN-xTB，如果当周期性体系算，CP2K里开OT用纯泛函结合DZVP档次的基组优化800个原子在你的计算条件下还是能搞的参考资料 ...

Posted by XiLock on December 3, 2021

Vasp 杂记

为什么要建超胞？（原来很少考虑这个问题） Re:一般对于完美晶体用单胞（周期中最小的重复单元）和超胞原则上对于强度性质结论一样，广延量应当呈倍数关系，可能会因为计算中的些许近似（如k取有限个，有限的截断能等）以及数值误差导致两者些许差异；当进行掺杂（空穴）等并且涉及浓度不同的占位，用单胞根本没法描述，这个时候单胞计算就得进行扩胞再进行计算。建了超胞以后还...

Posted by XiLock on December 3, 2021

Vasp 差分电荷

参考资料 VASP的差分电荷密度计算及图像处理

Posted by XiLock on December 2, 2021