Pymol 安装 with PiView

Posted by XiLock on January 22, 2021

感谢好友SuperNova的帮助!

准备工作

本文以Anaconda里安装pymol为例(开源),二进制版见参考资料

  1. 下载与系统上的Python匹配的PyMOL主程序的whl文件(如:pymol-2.1.0-cp27-cp27m-win_amd64.whl),以及PyMOL的启动器whl文件(如:pymol_launcher-2.1-cp27-cp27m-win_amd64.whl),置于临时的工作目录里;
  2. 在工作目录中启动Anaconda

安装

conda create -n pymol27 python=2.7
conda activate pymol27
pip install numpy
pip install pmw
pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher

如果一安装numpy就自动升级python且找不到解决方案,那就用conda create -n python27 python=2.7 anaconda强行安装python2.7所有的默认包(约2.1G)。

若要更新PyMOL,运行如下命令(其中pymol.whl是更新后的主程序的whl,launcher 不需要更新)

pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher

要使用较新的单窗口Qt接口,还要为Python安装PyQt5依赖项(可选):

pip install pyqt5

PiViewer安装

安装PiViewer需要以下条件:

  1. Python 2.x/3.x(建议2.7)
  2. NumPy
  3. Openbabel and Pybel (Python wrapper)
  4. PyMOL (optional if GUI needed)

所以还需要安装Openbabel:

conda install -c openbabel openbabel

输入obabel,如果出现”No input file or format spec or possible a misplaced option.” balabala的就是可以了。再进入python环境中试试能不能import opebbabelimport pybel

之后在anaconda里输入pymol调出pymol主程序,然后在Plugin–>Plugin Manager–>Install New Plugin里安装“PiViewer_plugin.py”,安装成功后,重新启动pymol即可使用。

pymol使用教程

见参考资料。

选择语句

  1. Pymol 选择速查手册
  2. PyMOL 选择器的语法参考

参考资料

  1. Win10安装免费开源PyMOL的过程
  2. 开源版和试用版pymol的安装
  3. Win或Linux系统下用conda安装Open Babel
  4. Github:PiViewer
  5. PiViewer: An open‐source tool for automated detection and display of π–π interactions
  6. 零基础PyMOL作图教程——绘制蛋白质-分子结合模式图
  7. 高质量PyMOL作图教程


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