MS中DPD的模拟

Posted by XiLock on September 26, 2020

模拟过程

DPD的模拟过程可以参考help里的tutorial。

注意事项

  1. 建立bead的时候可以有两种方式:一种是在Build->Build Mesostructure->Coarse Grain->More->Motion Group里Create;另一种是直接在Build->Build Mesostructure->Beads types里直接创建。对于三个水分子形成一个Bead的情况,用前一种方法无法构建(因为无法把几个片段合为一个Bead),只能用后者;
  2. 对于DPD而言,使用Constrain进行约束时并不能完全rigid约束住,其实质还是用restrain进行约束。所以对于DPD的约束,不要使用constrain进行约束,用restrain进行约束,定义完restrain之后constrain里会自然勾选上。
Flory-Huggins参数

tutorial里有几种方法,这里简述2种:blend法和amouphous法。flory-huggins参数可以从blends模块,也可以从amorphous中得到,在分析的能量里的内聚能密度里,分析的结果里就可以看到。

一·blend法:

  1. 画出模拟体系中的结构并进行优化;
  2. 借助于BLENDS模块导入分子;
  3. 分别选择Base和Screen进行混合;
  4. 分析输出中的参数x(希腊字母,读作chi)即是Flory-Huggins参数。

法二2·amorphous法:
用BLEND计算结果并不准确,考虑不了珠子具体分子片段的构形效应,采用amorphous会好一点,但比BLEND计算量大不少。

  1. 用amorphous cell建盒子,构型优化,然后跑MD;
  2. 平衡后用AC模块中的分析,选Energy,用Cohesive energy density对其分析

参考资料

  1. 祖师文献:Dissipative particle dynamics: Bridging the gap between atomistic and mesoscopic simulation
  2. 求教DPD高手怎样用amorphous cell计算Flory huggins参数


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