gmx 分子间非键相互作用力分析

Posted by XiLock on May 3, 2020

参考资料:

  1. 使用GROMACS计算分子间相互作用
  2. 提取 GMX 轨迹中两个 group 之间的静电和范德华相互作用
  3. 《平均力势—-以石墨烯-甘氨酸体系为例》附录部分

步骤:

  1. 分别提取分子A、分子B和分子A-B的xtc轨迹及gro文件;
  2. 利用gro文件生成分子A、分子B和分子A-B的tpr文件;(理论上可以通过convet-tpr实现,但可能因为原tpr中能量组、温度组等的设置而出现问题,所以建议重新生成tpr文件)
  3. 利用xtc来-rerun分子A、分子B和分子A-B的tpr,命令如:gmx mdrun -v -deffnm lys -rerun lys.xtc
  4. 将分子A-B的LJ(SR)+Coulomb(SR)+LJ.Disp+Coulomb.recip减去分子A和分子B的。


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